熒光細胞分析儀基于熒光標記與檢測原理，實現對細胞的精準分析。其底層原理主要涉及熒光標記、激發與發射、信號采集與分析等環節。

　　熒光標記是關鍵步驟，利用熒光蛋白或熒光素酶報告基因作為標志物，如綠色熒光蛋白（GFP）和紅色熒光蛋白（RFP），通過轉基因技術構建到載體上，對研究細胞進行標記。這些標志物與細胞內的特定分子結合，從而實現對目標分子的標記。

　　在檢測過程中，熒光細胞分析儀使用特定波長的光作為激發光源，通常為紫外光或可見光。當激發光照射到被標記的細胞上時，熒光物質吸收光能并躍遷到高能級狀態。由于高能級狀態不穩定，熒光物質會迅速返回低能級狀態，并在此過程中發射出特定波長的熒光。

　　發射出的熒光信號被熒光細胞分析儀的光學系統收集并傳輸至檢測器。檢測器將熒光信號轉換為電信號，再經過數據處理系統的處理，如放大、濾波、數字化等操作，最終得到細胞的定性或定量分析結果。

　　以CountstarRigel全自動熒光細胞分析儀為例，它基于圖像法檢測，配合多熒光通道，通過采集圖像中的細胞信息，進行定量分析。它既能提供細胞群的統計數據，又可以獲得單個細胞的圖像，從而提供細胞形態學信息。圖像采集系統同時產生明場以及四張熒光圖像，讓實驗結果更為直觀。